Program studi Sistem Informasi di Fakultas Ilmu Komputer Universitas Klabat berdiri sejak tahun 1999 pertama kali program studi ini bernama Ilmu Komputer, kemudian berubah menjadi Sistem Informasi. Pada tahun 2010 program studi ini sudah mendapatkan akreditasi dari Badan Akreditasi Nasional (BAN) dengan nomor 021/BAN-PT/Ak-XIII/S1/X/2010. Lulusan program studi Sistem Informasi akan menjadi seorang ahli dibidang Sistem Informasi, dimana mereka ini akan membuat aplikasi-aplikasi yang bermanfaat bagi manusia disegala bidang, seperti perkantoran, institusi, perhotelan, perdagangan dll. Sebuah sistem yang sebelumnya dikerjakan manual, oleh seorang ahli Sistem Informasi akan menjadi mudah, sederhana dan otomatis dengan bantuan komputer Untuk menyelesaikan program studi ini sesuai dengan kurikululm tahun 2008-2013 mahasiswa dituntut untuk menempuh sejumlah mata kuliah dengan bobot satuan kredit semester total 154 SKS, yang bisa diselesaikan dalam waktu empat tahun. Lulusan program studi Sistem Informasi Universitas Klabat memiliki tiga profil lulusan, yaitu Perintis Bisnis Berbasis IT (Technopreneur/Entrepreneur) atau Startup Digital, IT Project Manager, dan Digital Marketing Manager. Berikut penjelasan dari profil lulusan program studi Sistem Informasi, Universitas Klabat:

Perintis Bisnis Berbasis IT (Technopreneur / Entrepreneur): Startup Digital Dengan revisi kurikulum baru (Kurikulum SI 2020), mahasiswa akan dibekali dengan pengetahuan dan skill yang dibutuhkan untuk membuat perusahaan rintisan berbasis teknologi. Ditunjang dengan fasilitas yang memadai dan ekosistem entrepreneurship (UNKLAB Business and Entrepreneur Center – UBEC, dan Inkubator Bisnis Teknologi – IBT UNIQ), serta koneksi dengan investor (Venture Capital) memberikan kesempatan kepada mahasiswa untuk mengembangkan produk digital yang dibutuhkan masyarakat dan mendirikan perusahaan startup mereka sendiri.

IT Project Manager: Mengembangkan sistem informasi yang dapat memenuhi kebutuhan organisasi/perusahaan dan menyeleraskannya dengan visi serta misi perusahaan memerlukan perencanaan dan eksekusi proyek berbasis teknologi yang baik dan efisien. Di program studi Sistem Informasi, mahasiswa dibekali dengan skill dan pengetahuan yang diperlukan untuk mengatur (manage) proyek teknologi informasi, dari skala kecil hingga skala besar. Selain itu, mahasiswa juga diberikan pelatihan berupa sertifikasi di bidang Project Management berstandar internasional dan digunakan sebagai standar seorang Project Manager yang berkompeten di bidangnya. Selama menempuh kuliah, mahasiswa akan terlibat secara langsung dalam proyek IT, baik di perusahaan maupun lembaga pemerintahan.

Digital Marketing Manager: Perkembangan dunia digital khususnya penetrasi Internet, menjadikan sarana jaringan komputer ini sebagai tempat untuk mendapatkan informasi. Tidak hanya untuk mencari dan mendapatkan informasi, tetapi Internet juga dimanfaatkan oleh perusahaan baik skala kecil maupun besar untuk melakukan transaksi bisnis, atau yang kita kenal dengan istilah Electronic Commerce (E-Commerce). Mahasiswa program studi Sistem Informasi dapat menjadi seorang Digital Marketing Manager yang bertanggung jawab terhadap penyusunan dan implementasi strategi pemasaran digital perusahaan. Mahasiswa diajarkan berbagai strategi pemasaran internet, seperti SEO, SEM, Social Media Campaign and Analytics, Advertising, dan skill lainnya yang dibutuhkan untuk bisa menjadi seorang Digital Marketing Manager yang sukses.